Ich würde, wenn ich mir sicher bin, dass ich ein flashbares Backup von meinem aktuellen System habe, den Launcher deaktivieren bzw. mit Titanium Backup einfrieren.
Möglicherweise geht das problemlos, aber ich weiß nicht, ob der Stock Launcher möglicherweise im Hintergrund irgendwas ausführen muss, damit das Phone rund läuft. Da habe ich einfach zu wenig Ahnung von.
Daher wie oben erwähnt:
Backup
einfrieren
testen
und im Notfall Backup flashen